Nachdem Carmen und Juni Cortez in Teil 1 des Agentenabenteuers ihre Eltern - und ganz nebenbei die ganze Welt - gerettet haben, sind sie nun zu aktiven und angesehenen Spy Kids der OSS (Superagenten-Organisation) herangewachsen. In ihrer zweiten Mission sollen sie den so genannten "Transmooker" suchen, eine geheime Vorrichtung, die aus der Obhut des Präsidenten der Vereinigten Staaten gestohlen wurde. Wer ihn besitzt, kann die Elektrizität der ganzen Welt außer Kraft setzen; befindet sich der Transmooker in falschen Händen, ist der gesamte Planet in Gefahr. Ärgerlicherweise bekommen unsere Spione auch noch Konkurrenz: Die unerträglichen Geschwister Gary und Gerti Giggles, die Kinder des zwielichtigen Leiters der OSS, kommen ihnen immer wieder in die Quere. Die Suche nach dem Transmooker führt die Kinder auf eine geheimnisvolle Insel, auf der sie zunächst auf den verwirrten Wissenschaftler Romero treffen, der Mini-Zoos für Kinder entwickeln will. Allerdings sind einige seiner Experimente schiefgelaufen, so dass abenteuerliche Kreaturen das Eiland bevölkern und eine ernsthafte Gefahr für Carmen und Juni darstellen. Außerdem ist diese Insel für Radar und auch für jeden Satelliten unsichtbar und so müssen Carmen und Juni feststellen zu ihrem Schrecken feststellen, dass hier all ihre kostbaren Geräte völlig unbrauchbar sind. Trotz ihrer beachtlichen Leistungen wird jedoch bald klar, dass sie nicht ganz ohne die Hilfe ihrer Superagenten-Eltern auskommen. Gregorio und Ingrid Cortez machen sich auf, um ihre Kinder zu retten, den "Transmooker" wieder zu erlangen und den geheimnisvollen Fall aufzuklären. Dieses Mal sind es die Eltern - und sogar die Großeltern Cortez, die sich unbemerkt in das U-Boot der Eltern geschmuggelt haben - die Carmen und Juni aus der Patsche helfen.