El presente trabajo de investigación se realizó en la Empresa Provincial de Aseguramiento y Transporte a la Salud con el objetivo de realizar un programa de auditoría de desempeño para examinar y evaluar los documentos, operaciones y registros relacionados con los inventarios.El trabajo consta de tres capítulos en el primero se abordan los fundamentos teóricos de la Auditoría de Desempeño tanto a nivel internacional como a nivel nacional, sus prácticas y regulaciones y las particularidades del segmento de cuentas relacionadas con los inventarios así como la legislación vigente asociada. En el segundo capítulo se caracteriza la entidad y se realiza un diagnóstico al subsistema de inventario, logrando llevar con esto las principales debilidades a través de un procedimiento concebido partiendo de la revisión teórica siendo determinados los elementos causales de las deficiencias en el sistema de trabajo, que sirvieron como punto de partida para la conceptualización de la propuesta de mejora. Por último en el tercer capítulo se propone el programa para evaluar la gestión. Se arriban a conclusiones y se le recomienda a la entidad acciones de mejora.