Das Waisenmädchen Sheeta wird von einem Regierungsbeamten namens Musca auf ein Luftschiff entführt. Sie ist im Besitz eines magischen blauen Kristalls, der sie als Nachkomme des Königreichs Laputa ausweist und somit in Verbindung zum legendären Himmelskönigreich steht. Der böse Musca und eine Bande Luftpiraten wissen um das Geheimnis des Steines und wollen ihn in ihren Besitz bringen. Gemeinsam mit dem mutigen Jungen Pazu besteht Sheeta auf der Flucht vor ihren Verfolgern viele Abenteuer, bis beide den Weg zu den Ruinen des alten Königreichs finden. Sheeta und Pazu gewinnen die Luftpiraten als Verbündete und müssen nun gemeinsam gegen Musca kämpfen, der mit aller Gewalt die Macht des Königreichs an sich reißen will. Das Schicksal von Laputa liegt jetzt in ihren Händen ...