Die sterblichen Überreste, des von den Daleks zum Tode verurteilten "Masters" (Eric Roberts) sollen vom zeitreisenden Doktor (McCoy) nach Gallifrey überführt werden. Doch die Mission scheitert, und die Tardis materialisiert auf der Erde des Jahres 1999. Während der Doktor von einer Straßengang niedergeschossen wird, gelingt es dem Master zu entkommen. Hilfe bekommt er von der Ärztin Dr. Grace Holloway (Daphne Ashbrook), und dem zwielichtigen Kleinkriminellen Chang Lee. In einem neuen Körper (McGann), muss er die Kontrolle über die Tardis zurückgewinnen und seinen Erzfeind von einem teuflischen Plan abhalten. Die Zukunft der gesamten Menschheit steht auf dem Spiel und die Zeit ist gegen ihn.